大小的区别：日本珠的粒径范围一般在7-9mm之间，南洋珍珠的粒径一般在9mm以上。
颜色的区别：日本珠一般以白色为主，常见有透粉的晕彩色泽；南洋珠除了圣洁高雅的白色外，还有富含贵族气息的金色，以及神秘魅惑的黑色系。
表皮的区别：日本珠多见轻微的生长纹理瑕疵。南洋珠品质好的表面相对光滑，极微瑕甚至几乎看不出什么瑕疵。
日本珠：
日本珠Japanese pearl：日本产的珍珠。早期其天然珠来自一种马氏珍珠贝（Pteria Martensii），但现已很少见，现代的日本珠多为海水养珠，其中最重要的产区是三重、高知、爱媛、长崎等地。这里生长环境优越，惜产珠贝较小，一般只能获得小于10珠喱（相当直径7 mm）的珍珠。但珠质较佳，属优质珠，在世界上享有盛名。一般所说的日本珠，多指此类珠。此外，四国土佐湾也有用大型贝养殖的珍珠，直径可达12 mm。另外，日本也产有淡水湖珠，其主要产区是本州琵琶湖，故又称琵琶珠。
