进化论的致命是化石的中间环节的缺失。其实，达尔文主义的最大困难正是化石的证据。进化论最大的敌人不是宗教领袖而是研究化石的专家们。达尔文发表《物种起源》不久，在德国的一个石灰岩层发现一个动物化石，被取名为“始祖鸟”（ArchaeoPteryx），兼具爬行动物和鸟类的特征，被认为是由爬行类进化到鸟类的中间类型。进化论者为之雀跃，以为进化论已找到充分的证据。然而达尔文本人十分清楚，化石的证据显明中间类型的缺失，对他的理论是致命伤。但他推诿于化石记录的不完全。 经过一百多年的努力，科学家们已发现许多保存相当完整的地层，对其中所保存的化石也作了深入而系统的研究，中间类型的化石仍难寻觅。“始祖鸟”化石到目前为止只发现两例，这是很难解释的。
