1、酶作用。纯牛奶由于没有经过加热、酶钝化等手段处理，在牛奶中还含有一定量的酶类，尽管它们的数量很少，但在存放过程中也会慢慢使牛奶中蛋白质变性，出现结块现象。
2、低温或高温条件。蛋白质在高温、低温、酸性以及碱性等各个环境中都会出现蛋白质变性。很多人为了保存牛奶，将纯牛奶放在冰箱中保鲜，有时会将部分牛奶放在冰冻层中，这种低温也会引起纯牛奶结块。高温的环境刺激下，钝化的酶恢复了一定的活性，使蛋白质变性，也会出现结块现象。
3、变质。所有的牛奶都含有丰富的营养成分和水分，是完美的菌类培养基，并且也存在一定的保质期。在存放过程中若是被污染，很容易出现牛奶变质的情况，结块、变酸、变色等都是牛奶变质的标志。
