副主任医师的技术职称比主治医师高一级，副主任医师在医疗技术上可以指导主治医师的临床工作。
主治医师不能算专家，所以不能在专家门诊坐诊，副主任医师是专家，可以在专家门诊坐诊。当然副主任医师有时也在普通门诊坐诊，只有轮到他专家门诊时才在专家门诊坐诊。副主任医师在普通门诊坐诊时，挂号费与主治医师坐诊的挂号费是一样的。
另外住院病人都会接受三甲查房，即住院医师查房、主治医师查房、主任或副主任医师查房，以保证医院的医疗质量。
外科手术是按难易程度分级的，卫生行政部门规定住院医师、主治医师、副主任医师和主任医师能分别从事不同手术难度的手术，不能越级为病人做手术治疗。
