鸡蛋中含有抗酶蛋白和抗生物蛋白。前者阻碍人体肠胃中的蛋白酶与蛋白质接触，影响蛋白质的消化、吸收。后者能与食物中的生物素结合，形成人体无法吸收的物质。但是上述两种存在于生鸡蛋中的有害物质，一经蒸煮就被破坏，不再影响人体对营养素的吸收。
生鸡蛋的蛋白质结构致密，胃肠里的消化酶难以接触，因而不容易被消化吸收。而煮熟了的鸡蛋蛋白质的结构变得松软，容易被人体消化吸收。
大约10％的鲜蛋带有致病菌、霉菌或寄生虫卵。有的家长用开水冲鸡蛋加糖给孩子喝，由于鸡蛋中的病菌和寄生虫卵不能完全杀死，容易引腹泻和寄生虫病。如蛋中有沙门氏菌，还会引起食物中毒。新近发现，鸡蛋壳上可能带有0—157肠出血性大肠杆菌，即使菌量极少，如果生鸡蛋，也足以引起食物中毒。民间有人用吃生鸡蛋的方法来治疗小儿便秘，既治不了便秘，还会传染人畜共患的弓形虫病。这种病发病较急，全身各器官几乎均受到弓形虫的侵犯引起病变，严重者还会导致死亡。
