HCV为一有包膜呈球形的正单链RNA病毒，HCV基因组为单股正链RNA，全长约9500碱基。HCV基因组具有显著的异质性，同一基因组不同区段变异程度有显著差别。5’非编码区最为保守，因此PCR检测HCV、RNA的引物设计多选用该区域。
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