生物学染料中的碱性染料和酸性染料，并不是根据PH值来划分的。
碱性和酸性染料的划分依据在于染料分子电离后的主要有色成分是阳离子还是阴离子，若染料分子电离后，有色离子为阳离子即为碱性染料，若有色离子为阴离子即为酸性染料，而中性染料则是由碱性染料和酸性染料混合后配制的，也称复合染料。
碱性染料:一般能溶于水及酒精。通常能电离出Na+或OH-、Cl-等无色的阴离子和有色的阳离子，如龙胆紫、亚甲基蓝、美蓝等。碱性染料的阳离子为有色离子，它可以与细胞中的带负电荷部分牢固地结合。例如：细胞核中的染色质（体）内含有脱氧核糖核酸，属酸性物质，可电离出H+，而使自身带正电荷，所以它能和碱性染料（如龙胆紫或亚甲基蓝）电离出的有色阳离子通过电荷间的引力作用牢固结合，从而被染上颜色。
