珍珠颜色的形成和孕育它的母贝种类和生长环境因素有关，主要是由它自然形成时所吸收的微量化学元素所决定。如黑色珍珠吸收锰离子比较多，金色珍珠吸收铜比较多，粉色珍珠吸收锌比较多。正是由于微量元素的比例不同，而造成刚收获的珍珠对比起来颜色各异，同色系的珍珠里面也有深有浅，或显现出不同的伴色晕彩，也不乏有比较艳丽的颜色，并不是我们看到的串制好的一条珍珠项链般一致。如淡水珍珠可培养出一系列的颜色。
一般是三角帆蚌所产，很多普通的颜色，如白色﹑粉红色﹑橙色及其它柔和色调，可通过天然方法达致，包括珍珠贝类基因学﹑珍珠的食物﹑以及养殖环境的微量金属的数量和类型。又如黑珍珠只有海水黑蝶贝所分泌的珍珠质形成。
