区分这两种权权利主要从它们的内容上区分：
1、消费者公平交易权主要体现在两个方面：一是有权获得质量保障、价格合理、计量正确等公平交易条件。二是消费者有权拒绝经营者的强制交易行为。
2、自主选择权主要体现在四个方面：一是有权自主选择商品或服务的经营者；二是有权自主选择商品品种或服务方式；三是有权自主决定购买或者不购买任何一种商品、接受或者不接受任何一项服务；四是在自主选择商品和服务时，有权进行比较、鉴别和挑选。
【法律依据】
《消费者权益保护法》第九条规定，消费者享有自主选择商品或者服务的权利，简称为自主选择权。《消费者权益保护法》第10条第1款规定：消费者享有公平交易的权利。
