申请人填写《绿色食品标志使用申请书》，一式两份(含附报材料)，报所在省(自治区、直辖市、计划单列市)绿色食品管理部门。省绿色食品管理部门委托通过省级以上计量认证的环境保护监测机构，对该项产品或产品原料的产地进行环境评价。
省绿色食品管理部门对申请材料进行初审，并将初审合格的材料报中国绿色食品发展中心。中国绿色食品发展中心会同权威的环境保护机构，对上述材料进行审核。合格的，由中国绿色食品发展中心指定的食品监测机构对其申报产品进行抽样，并依据绿色食品质量和卫生标准进行检测，对不合格的，当年不再受理其申请。
中国绿色食品发展中心对质量和卫生检测合格的产品进行综合审查(含实地核查)，并与符合条件的申请人签订“绿色食品标志使用协议”：由农业部颁发绿色食品标志使用证书及编号，报国家工商行政管理局商标局备案，同时公告于众。
