BAF工艺的缺点如下：
对进水水质要求较高：需要进行混凝沉淀预处理，脱氮除磷能力相比传统工艺有所欠缺，脱氮方面需要设置DN池，运行过程中需要投加碳源，除磷方面需要在预处理过程投加化学除磷药剂；药剂成本高：曝气生物滤池由于滤料粒径较小，往往会发生滤料堵塞，若长期反冲洗不到位，会导致滤料板结而无法运行；需配备反冲洗系统，运行上对自动化的要求较高。
BAF工艺的缺点如下：
对进水水质要求较高：需要进行混凝沉淀预处理，脱氮除磷能力相比传统工艺有所欠缺，脱氮方面需要设置DN池，运行过程中需要投加碳源，除磷方面需要在预处理过程投加化学除磷药剂；药剂成本高：曝气生物滤池由于滤料粒径较小，往往会发生滤料堵塞，若长期反冲洗不到位，会导致滤料板结而无法运行；需配备反冲洗系统，运行上对自动化的要求较高。
