细菌屋不用清洗，细菌屋是放入水中，作为培养硝化细菌的滤材，清洗会导致硝化细菌大量死亡，对整体的生态环境非常不利。由于细菌屋是做养菌之用，因此也不需要经常更换，通常是半年至一年一换，每次只更换总量的一半。新细菌屋要用清水洗净，用开水泡20分钟，再放入水中。
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