有鞭毛的是弧菌、杆菌、夜光虫、鞭毛虫、眼虫等生物。
1、弧菌：是菌体短小，弯曲成弧形，尾部带一鞭毛的革兰氏阴性菌。广泛分布于河口、海湾、近岸海域的海水和海洋动物体内。
2、杆菌：通常呈正圆柱形，也有近卵圆形的，菌体大多平直，亦有稍弯曲的，菌体两端多钝圆，少数是平截状或尖突状。
3、夜光虫：生活在海水中的原生动物，在分类学上隶属于原生动物门、鞭毛纲、腰鞭毛目。它们在夜间由于海水波动的刺激能发光，因而得名。
4、鞭毛虫：是以鞭毛作为运动细胞器的原虫，无色素体，种类繁多，分布很广，生活方式多种多样。
5、眼虫：是眼虫属生物的统称，在植物学中称裸藻，也称绿虫藻，是一类介于动物和植物之间的单细胞真核生物。鞭毛纲，眼虫科。体小，长梭形。前端钝圆，后端尖削，中央有一大的胞核。体外表膜具细的斜纹。
