1、蜂种不同：黑蜂蜂蜜是黑蜂采集花蜜酿制而成的，在我国主要有东北黑蜂和新疆黑蜂两种，而普通蜂蜜是意蜂或中蜂酿制而成的，其中尤以意蜂酿制的意蜂蜜最为普遍，其实市场上绝大多数蜂蜜都是意蜂酿制的，中蜂蜜因产量稀缺且价格昂贵而很少在市场上售卖。
2、蜜源不同：黑蜂蜂蜜的蜜源比较复杂，东北黑蜂最著名的蜜源植物是椴树（包括紫椴和糠椴），新疆黑蜂的蜜源植物主要是益母草、野薄荷等山花，而普通蜂蜜的蜜源植物主要是油菜花、洋槐、枣树等，另外蜂蜜因主要蜜源不同可分为椴树蜜、槐花蜜、油菜花蜜等。
3、产地不同：黑蜂蜂蜜在我国主要产于新疆和黑龙江，其中东北黑蜂蜂蜜主要产于黑龙江的饶河县及周边地区，新疆黑蜂蜂蜜主要产于新疆的克斯县、尼勒克县、昭苏县等地，而普通蜂蜜的产地几乎遍及全国各，从南到北、从东到西只要有养蜂的地方就有蜂蜜出产。
4、成分不同：黑蜂蜂蜜和普通蜂蜜的主要成分都是葡萄糖和果糖，尚含少量的蔗糖、氨基酸、维生素、矿物质及酶类等活性成分，区别在于不同蜂蜜中各种营养成分的含量有差异，其中最显著的是葡萄糖和果糖的含量不同，但倘若是同一蜜源酿制的则基本没有区别。
